Quant té 10 anys esclata la revolució puritana (1642). La seva família era d'ideologia liberal, era el fill d'un advocat i petit propietari que, quan la guerra civil va esclatar, va servir com a capità de cavalleria en l'exèrcit parlamentari, i en aquest ambient es va educar durant 14 anys. Recordem que el Parlament, dirigit per Cronwell, va derrotar el rei Carles I i el va condemnar a mort tot executant-lo l’any 1648. Un any abans, en 1647, Locke va ser enviat a la prestigiosa Escola de Westminster a Londres, sota el patrocini d’Alexander Popham, un membre del Parlament i ex comandant del seu pare. Finalitzats els seus estudis en aquesta escola, en la tardor de 1652 ingressarà en el Christ Church, en aquells dies el més important "college" de la Universitat d'Oxford. L'educació a Oxford estava llavors sota el predomini de l'escolàstica aristotelizant, cosa que no resultava del gust de Locke, (el que tampoc havia resultat del grat, anteriorment, de Hobbes). Allà, a més d'estudiar filosofia, (fonamentalment lògica i metafísica), aprofundirà els seus estudis de les llengües clàssiques, però també s'interessarà per la física i la química, (entrant en contacte amb R. Boyle i el seu cercle), així com per la medicina, en la qual s'iniciarà amb T. Sydenham, encara que no obtindrà la titulació fins a 1674.
Un cop finalitzats els seus estudis romandrà a Oxford, impartint classes com Lector de grec en el Christ Church des de 1660, i també de Retòrica des de 1663. En 1665 va ingressar en el servei diplomàtic i en 1667 entrarà al servei de Lord Ashley (futur Comte de Shaftesbury), un dels fundadors del partit liberal dels Whigs, que va exercir gran influència sobre les idees polítiques de Locke. Locke es va involucrar en la política quan Shaftesbury es va convertir en Lord Canceller el 1672. i amb ell compartirà les vicissituds polítiques durant la monarquia dels Estuard, exercint diversos càrrecs de responsabilitat al seu servei.
La caiguda política de Shaftesbury i, en part, la seva delicada salut, el van portar primer a Oxford, on va acabar els seus estudis de Medicina i va obtenir la titulació i llicència per al seu exercici, i posteriorment a França, on va viure de 1675-1680, on passa a ser membre actiu de l'oposició al rei catòlic Carles II, i entra en contacte amb dissidents i heterodoxos i els cercles filosòfics de l'època (cartesians i llibertins), rebent, sobretot, l'influx de la filosofia de Gassendi.
En tornar a Anglaterra tornarà a entrar al servei de Lord Shaftesbury. Al voltant d'aquest temps, Locke va compondre la major part dels Dos Tractats sobre el Govern. Si bé es pensava que Locke va escriure els Tractats per defensar la Revolució Gloriosa de 1688, estudis recents han demostrat que l'obra va ser composta molt abans d'aquesta data, i que ara es veu com un argument més general contra la monarquia absoluta (en particular, com el que defensa per Robert Filmer i Thomas Hobbes) i el consentiment individual com a base de la legitimitat política.
Però la ja definitiva derrota política de Lord Shaftesbury l'obligarà de nou a abandonar Anglaterra, sota la forta sospita de participació en la Conspiració de la casa de Rye, encara que hi ha poca evidència per suggerir que ell va estar directament involucrat.
Refugiat als Països Baixos, on romandrà de 1683-1689, Locke centra les seves reflexions al voltant de la idea que Anglaterra estava a punt de trencar amb l'absolutisme monàrquic, per esdevenir la terra de les llibertats individuals i amb poder d'elecció dels seus representants polítics. Va tenir temps de tornar als seus escrits, i dedica gran quantitat de temps en tornar a treballar en les obres que li obririen les portes de la fama, L'Assaig sobre l'enteniment humà, de caràcter filosòfic, i L'Assaig sobre el govern civil on plasma la seva pensament polític. Cal destacar també la Carta sobre la tolerància entre les seves obres escrites en aquesta època.
Des de llavors, Locke es va convertir en el representant intel·lectual i al defensor filosòfic del nou règim liberal, a més de ser nomenat pel rei Guillem perquè exercís el ministeri de Comerç. En 1691 es retirarà a Oates, a Essex. Allà s'instal·larà a la mansió de Sir Francis i Lady Masham, (una de les primeres dones angleses que va publicar obres filosòfiques, i va mantenir correspondència filosòfica amb Locke i Leibniz, publicant a més la primera biografia de Locke), a la qual havia conegut de soltera com Damaris Cudworth el 1682, poc abans del seu exili, i amb qui va mantenir una relació afectiva i intel·lectual fins a la seva mort, el 28 d'octubre de 1704.